במהלך הדיון היום בבג"ץ בעתירות שהגישו המשפחות השכולות ונפגעי הטרור נגד עסקת שליט, נחשפה שיחה קשה בין יו"ר ארגון אלמגור, מאיר אינדור, לבין ראש המוסד לשעבר מאיר דגן. הרכב השופטים ביקש לדעת האם עמדת ראשי מערכת הביטחון, השב"כ, המוסד וצה"ל כלפי העסקה השתנתה בעקבות חילופי גברי בראשות הארגון.

יו"ר ארגון אלמגור מאיר אינדור טען בתגובה לשאלה זו, כי הוא שוחח אתמול עם מאיר דגן, ראש המוסד הקודם. לדברי אינדור, לשאלה האם העסקה הנוכחית טובה מהעסקה הקודמת השיב ראש המוסד כי "העסקה הזו גרועה מהעסקה הקודמת בשל כלילת ערביי ישראל בעסקה". בתשובה לשאלה נוספת, אם דגן עדיין מתנגד לעסקה, ציטט אינדור את דגן ואמר – "ודאי שאני מתנגד לעסקה".

בתגובה לדברים אלו אישרו מקורביו של דגן את קיום השיחה, אך הסתייגו מהאופן שבו צוטט דגן. עם זאת, מבהירים מקורביו כי "את העסקה הזו ניתן היה להשלים באותם תנאים כבר לפני שנתיים וחצי".